Recientemente en un cliente me encontre con este problema tenían 3 DC´s y dos de ellos estaban dando bastantes problemas a la hora de replicar.
Bueno pues al parecer esto sucede por que por algún motivo ya sea de comunicación u otro no han replicado en mas de 60 días para las versiones windows 2000 o windows 2003 o 180 días para windows 2003 sp1 o superior o windows 2008, por lo que tenemos objetos bastante antiguos que quieren replicar y es por seguridad que no se permite esta replica.
Bien lo primero es ver quien el el DC que esta fallando para ello:
CMD
REPADMIN /SHOWREPL
Aquí sacamos el culpable y tenemos dos opciones despromoverlo como si fuera el último controlador del dominio y luego hacer una limpieza en el AD de los restos de este o bien borrar estos archivos obsoletos antes de restablecer la replica de DC´s.
Para eliminar los archivos obsoletos:
CMD
REPADMIN /REMOVELINGERINGOBJECTS
Una vez que terminemos de eliminar estos objetos, debemos restablecer la replicación de los DC´s, para esto nos vamos al servidor afectado:
CMD
REGEDIT
HKLM\System\CurrentControlSet\Services\NTDS\Parameters\
Creamos un nuevo valor DWORD con la siguiente etiqueta: Allow Replication With Divergent and Corrupt Partner con valor 1
No hace falta reiniciar, nos vamos de nuevo bien por la aplicación Replmon (Grafica) o sitios de directorio activo y lazamos a mano la repliación y nos tiene que replicar sin problemas, una vez replique bien, ponemos el valor anterior a 0